被镇压后，接下来，便是清算的时候了。
朱棣不是心慈面软之人，这次的动乱根本不是民变，什么只惩恶首，胁从不问，白莲教都冒出来了，再不杀还留着过年？
于是乎，所有俘虏全部被砍头，这还不算完，他们的妻小被官府没收为奴，男丁沦为工奴，女丁沦为官妓，永世不得翻身，子子孙孙皆如为奴。
朱棣要树立典型，震慑天下！
让全天下看看，加入白莲教的下场。
这就完了？
不，还有！
山.东布政使、参政、参议、按察使、按察副使、佥事……所有高官皆斩！
——罪名是包庇、放纵叛乱。
但朱棣的怒火远不止如此，他以此罪名，开始彻底清算，凡是白莲军去过的地方，地方县官、县丞、主簿、刑名、狱卒、捕快……不仅是官，吏也没放过，全部砍头。
大明的官不多，但吏不少，朱棣这一下子，就杀了三千多人，不可谓不狠。
至此，消息传遍天下，官员对白莲教忌惮，到了谈虎色变的地步，连带着正规寺庙也受到了波及。
为了头上的乌纱帽，也为了小命儿，地方官开始对寺庙、尼姑庵进行严厉排查，很多和尚、尼姑被迫还俗。
虽然不仁道，但无形中也提高了社会劳动力，这些人整日敲敲木鱼，啥活不干就有大把香油钱，整就是吸百姓血汗。
他们的还俗，有百利而无一害。
朱棣在位十八年，前十七年加在一起，也没这一个月杀的人多，杀的群臣胆寒。
尤其是文官，更是心胆欲裂，仿佛看到了太祖在向他们招手。
朱棣杀的这些人，几乎全是文官体系的人，武将基本没动。
趁着这次机会，朱棣再次抬高武将地位，对参与镇压叛乱的将官挨个封赏，战死的士兵、将官，抚恤金丰厚。
同时，朱棣也为武将树立了一个典型，正面典型。
山.东沿海负责防备倭寇的都指挥卫青，一步登天，直接升至山.东指挥使。
朱棣此举，无疑在表明：朕是爱你的，跟着朕干，吃香喝辣！
这一套相当管用，武将尽皆归心，纷纷上奏疏，赞同迁都。
稳住军队，朱棣的腰杆登时就硬了，文官集团也知大势已去，捏着鼻子纷纷促请。
不料，这时朱棣却不干了，表示清算没完。
首恶唐赛儿还没找到，这事儿不能就这么算了，怀疑有人在包庇唐赛儿，要严查、彻查。
地方清算完了，该清算朝堂了！