军警三千余人挺进雾社，赛德克族首领莫那率领起义军和日本人浴血奋战。
这部电影在国际上和（目前）国内好评不断，但实际上它也有诸多问题。关于导演魏德圣是否媚日的问题，一直争议不断。
电影在表现仇恨的同时，屁股却不自觉地歪了。电影虽然表现了日本人的残暴，但更像是以某种角度宣扬文明和野蛮的争斗。
电影上半部讲述了赛德克人伏击日本人的「深堀大尉事件」—一勘探铁路的日本人深堀大尉等人被杀，给人一种赛德克人挑衅在先的感觉。
不仅如此，电影还塑造了一个对本地友好的日本人小岛源治形象，小岛源治因为家人被杀开始带队攻击赛德克人。电影将殖民者和被殖民者的矛盾，描述为仇杀。
在影片结束的时刻，竟然安排日军司令镰田弥彦感叹：「三百名战士抵抗数千名大军，不战死便自尽！为何我会在这遥远的台湾山区见到我们已经消失百年的武士精神？是这里的樱花开得太红艳了吗？」」
通过感叹表达日军司令镰田弥彦和莫那虽然作为对手，但仍然惺惺相惜。
这就导致影片最后传达的并不是反抗，而是战争与和解。他妈的，人家把你祖宗杀了一通，你说应该和解，不是贱吗？
实际历史上，被镰田弥彦惺惺相惜的莫那结局惨不忍睹，1934年莫那尸体被发现，日本人将其暴晒之后，拉到「台北帝国大学」当标本。
魏德圣在采访中明确说过，传递和解精神，要以更包容的态度看待那段历史，不去丑化日本人。
【即使你是坏人，我给你个原因，这样而已。既然被日本统治是不得已的，我为什么要恨自己被日本人统治过？】
这就对应了影片里的内容一赛德克人先杀了勘探队，有矛盾在先，后来才有了雾社事件。第二，赛德克人杀日本人小岛源治妻女，导致原本友好的小岛源治转变态度开始复仇。
瞧，这情节像不像一个被欺负的老实人复仇的故事。
影片从头到尾并没有描述整体的日本暴行，而是将暴行聚焦于少数几个人身上，似乎日军的罪行只是文明之下少数人的犯浑。
《赛德克.巴莱》第一次进入内地市场的时候，被媒体痛批。后来随著时间发展，竟然被宣传成了不得不看的「抗日大片」。
为了在内地挣钱，片方删除争议内容，专门剪了一个《内地版》。
还有知名作家讲，不用思考所谓的文化、殖
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