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他们万万没有想到，皇帝竟然要废弃《古文尚书》。
那样如今流传的《尚书》五十八篇，就有二十五篇被废弃，只有《今文尚书》三十三篇，作为大明书经。
这么剧烈的变动，就连刘宗周也不赞同，劝谏道：
“陛下，朱子等先贤虽然对《古文尚书》多有疑惑，却并未称其为伪经。”
“蔡氏传也经朱子订正，分辨今古文，删改经文，已经足够完善。”
“《朱子语类》曾曰：书中可疑诸篇，若一齐不信，恐倒了六经。”
显然，对《古文尚书》怀疑的不是一个两个，但是为了维护书经的权威，刘宗周认为还是应该采信。
群臣对此纷纷附和，就连钱谦益也说道：
“陛下，武宗正德皇帝所用年号，便是源自《大禹谟》。”
“《古文尚书》或有不实之处，却不可能完全是伪经。”
“孔安国、梅赜，写不出这种经文。”
朱由检听着群臣的想法，装做若有所思的样子，向他们道：
“那么你们以为，《古文尚书》是真的？”
“梅鷟对金城的质疑何解？”
“这个地名，可是在孔安国死后出现的。”
“应该如何解释？”
这个说法，有的臣子没有听闻，却也有人看过《尚书考异》。
这部书的作者梅鷟是正德八年举人，曾任南京国子监助教。他从语句、文体、史实及传授源流等方面，一一发掘《古文尚书》的出处，将宋人的怀疑落实到学术层面。
在朱由检命人取来《尚书考异》让群臣一同观看后，这些人纷纷皱眉，认识到古文尚书存在的矛盾。
虽然从这一点质疑不可能完全推翻古文尚书，但是若说古文尚书一点问题都没有，却是谁都不信。
钱谦益试着解释道：
“这些错漏，或是后人流传时所加。”
“《古文尚书》的来源，应该是古简。”
仍旧维护古文尚书，不认为它是伪作。
朱由检同样不想完全否定古文尚书，因为它已经完全融入儒家，成了当今儒学的一份子。
他之所以要把古文尚书分出去，不过是为了避免将来被证伪后，对他要确立的新儒学带来冲击而已。
所以他对钱谦益的这个说法很赞同，神色沉着若有所思地道：
“如此说来，古文尚书应该是来自散乱的古简，或者先秦典籍引用的《尚书》内容。”
“孔安国、梅赜等人将其重新编次，又加上了一些文字，故而出现错漏。”
“像是‘人心惟危
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