。项氏一族少主项少羽带领军队与秦国名将蒙恬激烈交战，然而还是无法改变项氏军队被困的处境。关键时刻，墨家派出墨家统领高渐离、雪女、大铁锤、盗跖前来援助，使得项氏一族得以撤离。
秦王政最终兼并六国，统一天下，建立秦朝，称“秦始皇”。高渐离、雪女二人很快完成任务，回到墨家机关城，迎接回到机关城的班大师、端木蓉、高月，以及来机关城暂避秦国追杀的盖聂与天明。轻易化解天明与大铁锤的矛盾。
秦国联合卫庄的“流沙”组织攻打墨家机关城。大铁锤在机关城外的巡逻，结果险些被“逆流沙”成员隐蝠杀害。高渐离、雪女及时出现，以压倒性优势赶走隐蝠。高渐离从荆轲遗孤天明的身上看见了荆轲的影子，十分激动，然而当一直渴望找到父亲的天明，追问起父亲的身份与情况时，高渐离、雪女却不知如何回答。
卫庄与高渐离交手，使高渐离处于劣势。卫庄无心追击。高渐离在雪女的帮助下全身而退，与墨家其他成员逃入机关城的枢纽“墨核”。
天明被“流沙”抓住。墨家一为救出天明，二为拖延时间等待援兵，而与“流沙”大战。“流沙”组织“四天王”第二的赤练于决定墨家命运的比武中与雪女展开对决。往昔的回忆令雪女冲破了赤练“火魅术”的桎梏，施展必杀绝招“凌波飞燕”击伤赤练，但终究中毒败阵。
墨家巨子燕丹赶到，赶走了“流沙”，但反秦势力仍已无力回天。燕丹最终将巨子之位传给了天明，随后与机关城同归于尽。
墨家机关城沦陷，剩余的反秦势力们被迫踏上逃亡之路。天明一连串的失误令墨家几位统领越发觉得他根本无法胜任巨子之位，于是决定重新表决是否要让天明来统领墨家。最终表决结果为盗跖、雪女、高渐离投正票，三正三反，罢免现任巨子的提议作废。
高渐离告诉雪女、大铁锤，自己有点理解，前任巨子做这样的决定，或是希望大家能够齐心协力，而不是仅仅依靠巨子一个人的力量。
反秦势力最终来到齐鲁桑海之地的墨家隐秘据点，由儒家小圣贤庄三当家张良和墨家统领庖丁负责接应。端木蓉在机关城之战中为保护盖聂而重伤，昏迷不醒。墨家先后恳求精通医理的儒家二当家颜路和儒家宗师荀子出手救治端木蓉。
墨家统领们与盖聂惊讶地发现五位轮值的墨家弟子离奇身亡，分析认为是阴阳
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