巨大的陨石从天而降，将整个地表的一切都化为废墟和灰烬。
就在这千钧一发之际，世界的主角克劳德挺身而出，联合古代种唯一后裔爱丽丝联手击败杀死，
然而，这场灭世浩劫虽然暂时得以阻止，但并不意味着萨菲罗斯就此完全失败。
因为杰诺瓦并未被彻底消灭干净。
杰诺瓦具有一种令人毛骨悚然的特性：即便它被打得粉身碎骨，其身体的每一个微小部分最终仍能够重新聚集在一起，再次复活。
所以，尽管萨菲罗斯本人的肉体已经在战斗中灰飞烟灭，但他的精神和记忆却并非如此容易就被抹杀殆尽。
更糟糕的是，萨菲罗斯那邪恶至极的意志伴随着他的死亡，悄然流窜进了生命之流当中，不断污染着生命之流。
造成的后果就是，神罗公司无法在提取魔晄发电，而人类也开始大面积的感染杰诺瓦造成的星痕病毒。
生命之流开始反向抽取感染者的生命力，使其枯萎致死。