洛克方舟加入以及多拉尔苦心积虑从科摩罗拐来一大批武器工匠后有所改观，但组织结构上的混乱却始终没有变化，海军那边在大漩涡远征结束后就已经在两个瓦尔之佑上建立了海军制造基地，并成立了独立的海军装备部门，而凤凰军这边自然也要跟进。
尤其是在见识了机械修会与帝国各个武装力量之间的争斗，推诿，扯皮等一系列破事后，索什扬更不打算在王庭也制造这种关系。
按照最新改组计划，耶姆洛克方舟不管是瓦尔工匠，还有是灵砧守卫，要全部纳入新成立的凤凰大军械库之中，同时还有来自金萨拉的吟骨者，科摩罗的武器匠师，这样就能打破单个神龛对王庭武装力量过大影响力的问题。
而凤凰大军械库主要任务是组织凤凰军的装备制造、研发、管理和保障工作，下设研究院、制造部、计划部、后勤部和若干装备试验场等，其中最关键的就是研究院和制造部，虽然艾达现在的装备在银河范围来说依旧是极其先进的，可故步自封就意味着总有一天会遇到手上的牌解决不掉的问题，更重要的是艾达其实和人类一样，遗失了太多过往的科技，这就意味着眼前的装备远不是凤凰军能够到达的极限。
因此研究院的任务很重要，索什扬将其分成三个部分。
研发部门，依照王庭未来可能遭遇的新对手，尤其是泰伦虫族，研发针对性的武器——索什扬很早就发现艾达的装备确实称得上先进和强大，但它们也确实数万年了也没有丝毫的变化，大陨落时是什么样，现在还是什么样，或许眼下足够用不代表未来足够用，对付银河内的敌人有效不代表对付银河外的敌人有效，就他查阅的多拉尔递交的过往方舟灵族对抗泰伦生物的战斗情况看，其实并不太乐观。
改进部门，主要是针对现有的武器装备提出改进方案，毕竟新武器研发和实验周期都很长，眼下能用的如果可以通过改进提升一定战斗力，那也是有必要的，毕竟远水不解近渴。
考古部门，这个就和机械修会有一定类似之处，就是寻找和逆向研究古代遗失的科技，从而复原那些失落的技术和设备，主要方式就是通过派出探索小队的方式去古代帝国的遗址中寻找任何有价值的遗物，或者去其他方舟世界或者蛮野王国打听是否有古代科技遗物并想办法从对方手上购买以及交换到。
至于制造部，则主管王庭和各方舟下的大
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