巨资在城外增筑的堡垒虽然为这次防御战立下大功，但也全都在交战中化作了瓦砾废墟。马打蓝军破城之后，双方在城内街道上展开的连日街头交战，也损坏了大量的城内建筑，特别是城市中心的议事会城堡周围两三百米范围内，几乎已经看不到任何一栋完好无损的建筑物。荷兰人要想重建这些区域，所需花费的财富也绝非小数目。
除了这些一眼就能看到的损失之外，另一个不可忽略的损失，便是本地人口在这场战争中的损耗。如果把死伤、逃难、被敌军掳掠的人口粗略加到一起，那么这场战争给巴达维亚当地带来的人口损失至少上万。而且损失的人口中有相当一部分都是青壮男子，这对于战后需要投入大量劳力的重建工作来说，要算是一个不小的噩耗了。
此外连日交战中有大量的尸体都被抛弃在城内外来不及掩埋，极易在战后引起疫病爆发。还有本地的粮食补给也已宣告中断，存粮所能维持的时间也很有限。诸如此类的麻烦事还有很多，对于东印度公司来说，战后的巴达维亚可以说是一个非常难以收拾的烂摊子。
经济上的损失倒还好，毕竟只要地方还在，东印度公司就能依靠继续经营东西方之间的海上贸易来获利，巴达维亚迟早都能恢复南洋贸易中心的地位，再说趁着马打蓝主力尽出疯狂袭击南洋各地港口的这支荷兰舰队，也着实在这一个月的时间里捞到了不少真金白银。虽然未必见得能完全弥补巴达维亚所蒙受的损失，但多少也能补贴上一部分重建工程开支了。
当然对战后乱局感到头疼的只是一些高层人士，绝大部分的普通百姓仍然很庆幸自己能够平安地活到战争结束。成大朋虽然经历过更为严重的战乱，并且在这次这次的巴达维亚攻防战中并没有遭遇什么大难，但近一个月的时间里仍然让他重温了劫后余生的感觉。大成米行在这场劫难中算是非常幸运，没有出现人员上的伤亡和大的财产损失，虽然战前就被议事会查封并运走了大部分的粮食，但这些粮食也并非无偿征用，战后肯定还是会慢慢算清账目。这也幸好是荷兰人打胜了，要是败了，这些粮食肯定一粒都别想再讨回来了。
马打蓝人还急匆匆地派了一支船队，让米行的人带路去占城买粮，不过这支船队大概不会有机会回到巴达维亚了。因为在战争结束的当晚，巴特就找上门来，对成大朋做出了同样的要求，
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