了将下一步战略重点放在福建的决定，于是所有的资源配置也得为了这个大的战略方向而发生改变，例如镇南港原本的规划，就得有了新的变化。
镇南港最初规划的时候大部分还是充作民用，只有鸭脷洲作为军管区使用，为此开发前期商务部和驻广办都还搞过专门的招商活动，让商家到镇南港投资修建货场商栈等设施。不过随着进军福建计划的确定，执委会决定对镇南港的功能设置进行调整，将整个镇南港全部划为军事基地，同时把这里的民用设施都搬迁到香港岛北边——铜锣湾避风塘附近的港口已经完成了第一阶段的工程建设，可以开始投入日常运营了。
执委会作出这样的调整，一是因为已经拿下了整个香港岛的控制权，而港岛北边所拥有的大片临海平原显然比镇南港狭窄有限的地区更具开发价值。二来将镇南港地区划为军事基地，也是为了服务于今后一段时期的战略发展需要。
海汉要大举进攻澎湖，就势必要派出相当数量的舰队前往福建。但如果这个动作太早，势必就会提前引起十八芝的警惕，从而给予他们更多的反应时间。军委所制定的计划，是将舰队先集中到珠江口，有可能的话还要安排几次演习。等到行动开始之前，再开拔前往福建执行作战计划。
海汉在珠江口的据点已经有好几处，但目前却没有适合大部队驻扎的地方。番禺的位置太过接近广州，如果海汉舰队大举沿珠江上行，势必会引起广东官府的误判，从而引起不必要的后果。而万山岛的港口过小，所能容纳的船只的数量和吨位都很有限，并不适合作为军港使用。也就只有香港岛这边，可以将位于西南角的镇南港单独划出来，交给军方使用。
因为香港岛天然的地形，镇南港与位于北边的沿海平原是完全隔离开来的，这也可以在最大限度上保证这里作为军事基地的机密性。只要将鸭脷洲两头的航道一封锁，中间这段海峡里停靠了多少船只，外面根本就查探不到。对于希望在开战前保守住兵力部署机密的军方来说，镇南港的确是一个极佳的选择。
要把这里变成军事基地，当然还有一个必要的前提，那就是把民用设施全部搬走。所以趁着秋交会商人云集的机会，执委会宣布了对镇南港进行整体搬迁的决定，所有在镇南港有固定资产的商家，都将限期搬离此地，并在港岛北部的新开发区获得相应的补偿。
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